En muchas personas la comprensión se da de una mejor manera cuando estudian las cosas por medio de diagramas o dibujos, en el caso de los enlaces moleculares se pueden analizar de una mejor manera con una vista en 3d. Para poder dibujar estos enlaces moleculares en 3d podemos hacer uso de la aplicación llamada Avogadro, la cual nos provee de herramientas para realizar dibujos de una forma fácil y sin necesidad de saber sobre modelado en tercera dimensión, así aunque no seamos unos expertos en diseño podremos tener una mejor vista sobre las moléculas y las formas de enlazarse. 
El software Avogadro es libre por lo que se podrá utilizar tanto en instituciones educativas como para uso personal o profesional, así habrá una mejor alternativa para que los estudiantes adquieran conocimientos acerca de las moléculas y sus propiedades. También se cuenta con diversos tutoriales que van enfocados a las diferentes maneras en que se puede utilizar este software para enseñar a los estudiantes diferentes aspectos de la química.