Este software es un excelente visualizador de moléculas en 3 dimensiones, que además, es gratis. Alrededor de Rasmol se ha construído toda una comunidad de usuarios, que ha generado que el programa se haya desarrollado muy rápidamente. Soporta los formatos moleculares más extendidos, como pdb, mol, mdl, xyz, etc., por lo cuál es muy sencillo encontrar moléculas en las numerosas bases de datos de la red. Por otra parte, podemos crear nuestras propias moléculas, si así lo deseamos, aunque no es necesario, como indico más arriba, pues se consiguen con gran facilidad en Internet.
Modo de Uso y Descarga:
Descargue la versión adecuada de “RasMol” que sea acorde al sistema operativo de su computador (“RasWin” para PC, “RasMac” para Macintosh, etc.),
Link Descarga: http://www.umass.edu/microbio/rasmol/getras.htm
Instálela y luego descargue un Archivo PDB (Banco de Datos de Proteínas) de la Página Web “Visualización en Ciencia y Matemáticas” (Visualization in Science y Mathematics - VISM, por su sigla en inglés) “Klotho” : Base de Datos Relacionales de Compuestos Bioquímicos o, del Banco de Datos de Proteínas (Protein Data Bank – PDB, por su sigla en inglés).
PDB es un sitio internacional de intercambio para datos sobre estructuras macromoleculares tridimensionales. Ha sido diseñada para que los investigadores depositen y procesen en él, las estructuras macromoleculares que estén estudiando. Cada archivo cita tanto el autor como la publicación periódica en la que fue publicada la imagen.
Comencemos en la página de la “VISM”. Seleccione, “Colecciones de Archivos Personalizadas” (Customized Molecular File Collections); luego, “Estructuras de Amino Ácidos” (Amino Acid Structures). A continuación haga clic en el botón derecho del ratón (en los PC) o haga clic y mantenga pulsado el botón (en los MAC) en cualquiera de los archivos del PDB para guardarlo en su disco duro. Ejecute “RasMol” y abra el archivo que acaba de descargar.
Las imágenes aparecen primero en la caja de visualización RasMol (Figura 3) en forma de estructuras del tipo alambre. Utilice el menú de Visualización para cambiar el tipo de efecto visual a barras y esferas, lazos u otros. Haga clic y sostenga el botón del ratón mientras mueve el cursor para rotar la molécula. Haga clic derecho en el ratón y manténgalo (en los PC) o mantenga pulsada la tecla de comando; luego coloque el cursor del ratón en la ventana de visualización (en los Mac) para mover la molécula de un lado al otro sin rotarla. Pulse y sostenga en esta posición la tecla de Mayúscula (shift) más clic y, mueva el cursor del ratón para acercar y alejar la figura. Use el menú de Colores para colorear la molécula con base en las distintas propiedades de sus componentes (por ejemplo, temperatura o estructura).
Figura. Estructura de L-leucina de “Klotho”: Base de Datos Relacionales de Compuestos Químicos
(Biochemical Compounds Declarative Database).
También puede utilizar los colores para resaltar los distintos átomos que conforman la molécula. Vaya a la pantalla de comando [en la barra de tareas en un PC o detrás de la ventana de visualización en un Mac- (Figura 4)], seleccione un átomo, hidrógeno por ejemplo, digitando“seleccione hidrógeno” y finalmente cambie el color a azul digitando “color azul”.
Existen varias guías en la Red para ayudarles, a usted y a sus estudiantes, a dominar “RasMol”